También el Archivo General de la Nación denunció la desaparición de otras cinco cartas y documentos relacionados con la vida de Hernán Cortés y su nieto Fernando Cortés, marqués del Valle.
Antes del 2012, el Archivo General de la Nación se constituía como un órgano desconcentrado de la Secretaría de Gobernación (Segob) y posterior a dicho año, el Archivo General de la Nación se constituyó como organismo descentralizado agrupado al sector coordinado por la citada dependencia.
La Secretaría de Gobernación (Segob) interpuso una denuncia en 2006, dos denuncias en 2009 y una denuncia más en 2014.
En 2007, 2008, 2010, 2011, 2012, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018 y 2019, el Archivo General de la Nación con apoyo de la Segob o por medios propios ha interpuesto cero denuncias, ya que no se registró algún robo o sustracción ilegal de documentos históricos.
El Fondo Hospital de Jesús (1520-1925) es la documentación más antigua del Archivo General de la Nación, ya que contiene un documento de 1520, relacionado con un poder que dio Hernán Cortés a su abogado.
El acervo recibe el nombre de Hospital de Jesús, porque la documentación se mantuvo resguardada en aquel lugar—primer hospital de México, creado durante los primeros años, posteriores a la conquista española—, desde el siglo XVI hasta 1929, fecha en la que la Secretaría de Gobernación declaró de propiedad nacional los legajos, documentos y papeles recogidos en el Hospital de Jesús”.
Éstos quedaron bajo resguardo del Archivo General de la Nación de México por “considerarse de utilidad histórica y auxiliar para el conocimiento de la geografía, estadística, arqueología e historia del México colonial y del México independiente”.
La vasta documentación del Fondo Hospital de Jesús resguarda las fuentes primarias sobre la administración, mercedes y privilegios que tuvo Hernán Cortés, por parte del Rey de España, expedientes que dan cuenta de las quejas y los pleitos judiciales que siguieron los habitantes del marquesado del Valle contra los administradores y propietarios, por los constantes abusos.
Como ejemplo tenemos la cédula que refiere al secuestro de bienes de Martín Cortés, tras la conspiración que él y otros fraguaron en 1566; las cédulas y testamentos de los distintos sucesores del marquesado del Valle; expedientes sobre la movilidad y designación de autoridades, entre otros documentos que son fuente esencial para la reconstrucción del período colonial.
