Los años 90 fueron un periodo de transición para el futbol potosino, comenzando con la desaparición del Atlético Potosino que tras un año en Segunda se marchó a Tampico ante el poco interés de sus dueños. Un tiempo en el que en la Primera 'A', el Real San Luis peleó siempre arriba pero siempre se quedaba a las puertas de la Final, quedando muy lejos el sueño de volver a Primera, pero sentando las bases para el proyecto que más tarde volvería al Máximo Circuito.
Potosino dejó la División de Honor en 1989, tras una desastrosa campaña, por lo que los 90's iniciaban con el futbol en San Luis en Segunda tras más de 15 años disfrutando las mieles de la Primera División. En su primer torneo, los 'Cachorros' sumaron 53 puntos para hacerse con el liderato del Grupo 4 que les permitió acceder a la Liguilla.
Ubicados en el Grupo B de la carrera por el título, el Potosino finalizó segundo a dos puntos de Pachuca que accedió a la final por el Ascenso ante Atlante. Los Potros se asegurarían su regreso en una serie que se definió en un tercer partido en Puebla con una larguísima serie de Penales.
Para la 91-92, los Cachorros llegaron a su final con la venta a un empresario Tamaulipeco que los llevó a Tampico. El histórico potosino se fue para nunca más volver (hasta el momento). San Luis Potosí se quedó sin futbol hasta la 1993-1994, cuando de la mano del controversial Jacobo Payán, nacía el Real San Luis tras adquirir la franquicia de los Linces de Celaya. El equipo tuvo una primera campaña irregular, situándose en el puesto 14 de la general, pero alcanzando liguilla por ser segundos de grupo. Ahí, el Potosino (perdón, Tampico Madero), los goleó 4-1 global y acabó el sueño.
En la 94-95 nació la amada u odiada, pero siempre legendaria 'Primera A'. Real San Luis fue uno de los clubes fundadores. Una muy buena campaña los dejó en la cuarta posición, alcanzando semis donde, para variar, Pachuca finalizaría con el sueño con un global de 6-2.
La llegada de los torneos cortos no fueron nada productivos para el cuadro auriazul que tuvo mediocres resultados al ubicarse en los puestos 9 (Invierno 96) y 13 (Verano 97). Payán vio peligrar su inversión y el equipo cayó en manos del Gobierno de Horacio Sánchez Unzueta, quien a su vez transfirió el equipo a Juan Autrique Ruiz y Juan Autrique Gómez.
Los empresarios dan una cara seria al equipo, firman a figuras como Ángel Lemus y se convierten en filial de los Pumas de la UNAM. El Verano de 1998 es un torneo muy recordado por los fieles de aquella época, ya que el equipo se 'robó' la competencia al finalizar líder con 39 puntos y como la mejor defensa con 15 recibidos en 20 partidos, sin embargo, los Correcaminos echaron al equipo a las primeras de cambio.
Los resultados en los siguientes torneos no alcanzaron a ser tan buenos, ya que el equipo llegaba a liguilla pero la dejaba en Cuartos de Final por lo regular. En el Verano 99, el Real acabó último, pero con Ángel Lemus como goleador de la temporada, además por aquella época se jugaría el primer partido en Lastras cuando aún no contaba con todas las tribunas y se encontraba 'en construcción'. En aquel tiempo coincidieron con el primer Atlético San Luis, pero esa es otra historia.
La 99-00 tuvo un sabor muy amargo ya que el equipo se quedó en semis en ambos torneo, eliminado primero por el Cruz Azul Hidalgo y después por el Zacatepec. En el 2001 la historia cambiaría para siempre, ya que llegaría la primera gran inversión a San Luis Potosí. El Verano fue el último torneo con los Autrique al frente, siendo eliminados con global de 8-0 por Toros Neza y teniendo como goleador a Ariel González.
En aquel año descendieron los Halcones de Querétaro, filial del América, por lo que Grupo Televisa puso interés en San Luis como posible nido. Los Autrique y Grupo Televisa firman un contrato de colaboración por 6 meses con promesa de compra en base a resultados. San Luis llega a la Final, reforzados con jugadores del Ame, y los televisos finalmente se hacen con el equipo para el Verano 2002.
El acuerdo se firmó el 5 de diciembre con Eduardo del Villar y Pérez Teuffer como parte de Televisa, Promotora del Deporte Potosino, dueña del equipo y el Gobernador Fernando Silva Nieto como testigo en la transacción.
Televisa cambió por completo al equipo, llegaron jugadores como De Faria, Santibañez, Carlos Sánchez y Moctezuma Serrato. Ese plantel dirigido por Juan Antonio Luna alcanzando el Ascenso tras vencer al Veracruz en una bonita final en el Lastras, el 26 de mayo del 2002 finalizó la historia Del Real, para dar paso a la leyenda del Club San Luis.
