Las especies en peligro en extinción en San Luis Potosí son el águila real, el perrito de la pradera, el armadillo, loro cabeza amarilla, el tlalcoyote, el venado y los tigrillos.
En la actualidad el país se encuentra inmerso en una situación alarmante ante la depredación animal que, en algunos de los casos, está estimulando la extinción de las especies apreciadas ya sea por el valor de su piel o simplemente como un trofeo de cacería.
Las especies en peligro de extinción representa una seria amenaza a los medios naturales, puesto que muchos de ellos logran un equilibrio en la naturaleza en la que se desenvuelven, evitando así la sobrepoblación de otras especies que por ende puede generar un deterioro del entorno natural o social.
Datos recientes señalan que los animales en peligro de extinción en el estado son: el perrito de la pradera, cuyo hábitat quedó seriamente afectado después de los incendios registrados en la Sierra de San Miguelito durante el 2013; el águila real de la que solo se tienen registradas 119 parejas reproductivas en todo el territorio que habitan, entre el que se encuentra San Luis Potosí. Otras especies que encuentran su existencia seriamente amenazada son el armadillo; el loro de cabeza amarilla, también conocido como perico o loro huasteco; el armadillo, el tlalcoyote, el venado y el tigrillo.
Se ha presentado al cautiverio como una opción para la reproducción de algunas especies, que ante la ambición de posesión, la cacería o devastación de su entorno, no pueden reproducirse naturalmente. Si bien esta forma de conservación ha funcionado para que no se extingan por completo las especies, no atiende los problemas que originan la pérdida de la biodiversidad.
Es cierto que el tráfico de algunas especies de animales y plantas es un negocio que en el mercado negrose cotizan muy bien. En San Luis Potosí, en el lugar de Charco Cercadose podían adquirir algunas especies de plantas y animales, así como pieles de serpientes o aves consideradas como prohibidas para su venta. Esta práctica reflejaba la necesidad de personas que al no encontrar oportunidades laborales que cubrieran sus necesidades, debían recurrir a la veta de flora y fauna exótica. Actualmente esta situación ha cambiado y el comercio de animales prohibidos para su venta se ha frenado.
Esta situación ha cambiado debido a que las autoridades han mostrado una profunda preocupación ante lo que podría considerarse una latente amenaza a la naturaleza. La confiscación de animales y plantas, han dejado de ser una constante en estos lugares donde los mismos visitantes o paseantes se detenían a adquirir alguna especie sin pensar en cómo fue su captura y cómo impactaba al medio ambiente, así como la conservación de la especie.
Existen otras prácticas en el estado que afectan a la conservación de flora y fauna, tal como es el desplazamiento de nichos ecológicos para la construcción de infraestructura carretera, complejos habitacionales o agricultura y ganadería.
Actualmente existe una importante reivindicación hacia la protección de los animales debido a la implementación de leyes que buscan proteger el entorno natural, sin embargo, aun queda trabajo por delante para poder proteger a las especies.